Das Diplomstudium in Fachtheologie für Priesteramtskandidaten und LaientheologInnen dauert zehn Semester und führt zum akademischen Grad des Bakkalaureats päpstlichen Rechts (Dipl.-Theol.) und nach Inskription für mindestens ein Semester in Innsbruck zum „Magister der Theologie“ österreichischen Rechts. Priesteramtskandidaten besuchen zusätzlich ein Pastoraljahr. 

Auch das Diplomstudium in Religionspädagogik dauert zehn Semester und führt ebefalls zum akademischen Grad des Bakkalaureats päpstlichen Rechts (Dipl.-Theol.) und nach Inskription für mindestens ein Semester in Innsbruck zum „Magister der Theologie“ österreichischen Rechts. 
In Zukunft wird bei der Religionspädagogischen Studienrichtung nach 3 Jahren der Bachelor und nach weiteren 2 Jahren der Master verliehen; vorgesehen ist die Anerkennung dieser Titel durch den italienischen Staat als „Laurea“ bzw. „Laurea magistrale“.
 
Das Studium bereitet vor für seelsorgliche Aufgaben, für die theologische Erwachsenenbildung, für den Religionsunterricht an allen Schulstufen, ist Voraussetzung für die wissenschaftliche Laufbahn an Theologischen Fakultäten, für Spezialisierung in der Krankenhausseelsorge.

Seit dem Wintersemester 2001/2002 bietet die  Phil.-Theol. Hochschule Brixen in Zusammenarbeit mit dem Institut für Christliche Philosophie an der Theologischen Fakultät der Universität Innsbruck ein eigenes Diplomstudium in Philosophie an; der akademische Abschluss wird auch in Italien staatlich anerkannt.
 
Neben den traditionellen Fächern für die philosophische Ausbildung der Theologinnen und Theologen werden auch Lehrveranstaltungen für eine fachspezifische Ausbildung von Philosophinnen und Philosophen angeboten und zwar für die Fächer: Philosophische Ethik, Philosophische Anthropologie, Metaphysik und Gotteslehre, Erkenntnistheorie und Hermeneutik, Logik und Sprachphilosophie, Geschichte der Philosophie, Naturphilosophie, Sozial- und Kulturphilosophie, Religionsphilosophie und Psychologie. Außerdem werden auch fächerübergreifende philosophische Spezialvorlesungen angeboten zu Grenzfragen Philosophie - Literatur.
 
Studienaufbau: 
Der erste Studienabschnitt (im Ausmaß von vier Semestern) kann fast zur Gänze an der Hochschule in Brixen absolviert werden, wobei auch Professoren und Dozenten vom Institut für Christliche Philosophie aus Innsbruck an der Brixner Hochschule lehren. In Kooperation mit dem Institut für Christliche Philosophie an der Theologischen Fakultät Innsbruck ( formale Inskription von einem Semester) kann die erste staatliche Diplomprüfung in Philosophie bzw. der kirchliche Grad eines Bakkalaureats in Philosophie erworben werden. Eine weitere Absolvierung von vier Semestern am Institut für Christliche Philosophie in Innsbruck ermöglicht den Abschluss des Studiums mit dem österreichischen staatlichen akademischen Grades eines Magisters phil. fac. theol. (Magister der Philosophie an der Theologischen Fakultät) bzw. mit dem kirchlichen Grad eines Lizentiats in Philosophie. Für dieses Studium ist gemäß der neuen Studienordnung eine ständige Anwesenheit am Studienort nicht mehr erforderlich. Dadurch soll vor allem den Berufstätigen die Möglichkeit eines Studiums erleichtert werden. Der akademische Grad eines Magisters phil. fac. theol. ist der einzige Grad der Theologischen Fakultät, der in Italien staatlich anerkannt wird als „Laurea in Filosofia“.

Das Höhere Institut für Theologische Bildung, das von der Philosophisch-Theologischen Hoch­schule getragen und von der Kongregation für das Katholische Bildungswesen als Istituto Supe­riore di Scienze Religiose in neuer Form errichtet wird, hat nun einen Studiengang von ebenfalls zehn Semestern. Nach drei Jahren wird das Diplom (Bachelor = laurea) verliehen und nach weiteren zwei Jahren der Studiengrad „Magistero in Scienze Religiose“ (Master = laurea magistrale). Es befähigt vor allem für den Religionsunterricht an Mittel-, Ober- und Berufsschulen, aber auch für pastorale Dienste und ist ein voll akademisches Studium.
Da die Studienpläne der Fachtheologie an der Hochschule und der Religionspädagogik am  neuen Höheren Institut sich zum Teil decken, sind viele Vorlesungen mit denen an der Hochschule gemeinsam. 
Das frühere Höhere Institut mit einem Studiengang von acht Semestern wird nur mehr für das dritte und vierte Studienjahr angeboten und hat Vorlesungen an allen Samstagen (ganztägig) des Studienjahres, sowie an einigen Freitag Nachmittagen. Am Ende eines jeden Jahres findet eine Studienwoche statt.

Die Philosophisch-Theologische Hochschule Brixen bietet wie in den vergangenen Jahren in Zusammenarbeit mit dem Amt für Katechese und Religionsunterricht „Praxisbegleitung im Religionsunterricht“ an. Es geht in erster Linie um die Aufgabe der Lehrperson in der Klasse, in der Schulgemeinschaft und in der Kirche. Anhand von Fallbeispielen werden Rolle und Unterricht analysiert.