Franz Pixner wurde am 20. September 1939 in Vernuer am Eingang des Passeiertales geboren und am 28. Juni 1964 in Bozen zum Priester geweiht. Zwischen 1964 und 1966 wirkte er als Kooperator in Schenna und in Villnöß. Anschließend war er bis 1969 Präfekt am Johanneum.
Von 1969 bis 1973 wirkte Pixner als Kooperator in Meran. Von 1973 bis 1976 war er geistlicher Assistent der Katholischen Jungschar Südtirols. Im Jahr 1976 wurde Pixner Pfarrer in Algund, wo er bis 1998 wirkte. Seit 1998 war er Pfarrer in Seis und seit 2006 zugleich Dekan (bis 2012) und Pfarrer in Kastelruth (bis 2015). Seit 2015 wirkte er als Seelsorger in Kastelruth und Seis mit Schwerpunkt Seiser Alm.